Το 9ο Δημοτικό Σχολείο Ξάνθης ιδρύθηκε το 1955, αφού προηγουμένως λειτούργησε για λίγο χρονικό διάστημα μεταπολεμικά, έως ότου καταργήθηκε και συγχωνεύθηκε με το 3ο Δημοτικό Σχολείο. Μετά την εκ νέου ίδρυση του και μέχρι το 1959 συστεγαζόταν με το 4ο Δημοτικό Σχολείο, στο διδακτήριο του τελευταίου. Το σημερινό παλιό κτίριο, χτισμένο σε οικόπεδο που παραχωρήθηκε από το Δήμο Ξάνθης στο συνοικισμό Κυψέλης, δίπλα από το Ναό της Μεταμορφώσεως του Σωτήρος, εγκαινιάστηκε και δόθηκε σε λειτουργία τον Απρίλιο του 1960, ενώ το 1985 κατασκευάστηκε το νέο διδακτήριο παραπλεύρως του παλιού κτιρίου.
Μέχρι και σήμερα, τα δύο κτίρια του σχολικού συγκροτήματος καλύπτουν τις ανάγκες του 9ου Δημοτικού Σχολείου. Από το 1998-1999 στο σχολείο λειτουργεί τμήμα Ολοημέρου (αρχικά με ένα τμήμα και από το 2002-2003 με δύο τμήματα και τέσσερα υποτμήματα) και από το σχολικό έτος 2000-2001 συλλειτουργεί και συστεγάζεται με το νεοϊδρυθέν 18ο Δημοτικό Σχολείο Ξάνθης. Σήμερα στο 9ο Δημοτικό Σχολείο Ξάνθης, που λειτουργεί ως 12θέσιο (με λειτουργικότητα 13θέσιου) φοιτούν 286 μαθητές.
